1965 yılı Nisan ayında Futbol Federasyonu başkanı merhum Orhan Şeref Apak imzalı olarak Balıkesir Beden Terbiyesi Bölge Müdürlüğü`ne bir yazı gelir. Bahse konu yazıda ülkemizde Anadolu’ya yayılması planlanan ve organizasyonu başlatılan 2.profesyonel Türkiye futbol liginin devam ettiği ortamda Balıkesir ilinin de profesyonel takım kurma hakkı olduğu belirtilir. Bunun üzerine Beden Terbiyesi İl Müdürü merhum Selman Doğuşkan il merkezindeki kulüp temsilcilerini o günlerde Atatürk Stadı kapalı tribün altındaki il binasında toplayıp yazının içeriği ile ilgili bilgi verir. İlimizdeki kulüp temsilcileri olan o günkü yöneticiler profesyonel takım kurmanın büyük mali külfet getireceğini dikkate alarak suyun kaynağının bulunması gerektiğini ve taşıma suyla değirmen dönmeyeceğini söylerler. Dolayısıyla bu profesyonel futbol takımı kurulması teklifinin de ileri bir tarihe ertelenmesine karar verilir. Bunun üzerine imza altına alınan bu karar cevaben Futbol Federasyonuna iletilir.
Gelişmeler bu yönde sürerken, Bandırma ilçemiz dönemin milletvekili Fenni İslimyeli aracılığıyla Futbol Federasyonu`na müracaatta bulunur. Müracaat üzerine 1965-1966 futbol sezonunda Bandırmaspor Türkiye Profesyonel 2.ligine alınır. İlçe takımımız Bandırmaspor tüm müsabakalarını Balıkesir Atatürk satadında oynar. Aradan bir yıla yakın bir zaman geçtikten sonra şehir kulübünde yapılan toplantıda, Balıkesirspor ’un kurulması için bir müteşşebis heyet teşkil edilir. Ancak Futbol Federasyonu`na müracaata yapılan cevapta, “ilinizde profesyonel futbol takımı var. Aynı ilde 2 profesyonel takım olması mümkün değil” denerek red cevabı gelir.
Balıkesirspor kulübünün kurulup faaliyete geçirilmesi için birçok emek harcanmış ve kuruluş kolay olmamıştır. 1965 yılının başından 1966 yılının ilk baharına kadar ve zamanın belediye reisi Hüseyin Baştuz‘un başkanlığında toplantılar yapılmış konular üzerinde uzun uzun tartışmalar olmuş , kurulacak profesyonel futbol kulübünün geleceği , yönetici antrenör ve futbolcu ile parasal durumları gözden geçirilmiştir. Devrin valisi, Paşası ve işadamları, fabrikatörleri ile eski sporcularla ayrı ayrı toplantılar yapılmış Balıkesir merkezinde bir BALIKESİRSPOR futbol kulübünün kurulmasına karar verilmiştir.